Verschiedene Kapitel der Regel des hl. Benedikt und die Geschichte der Klöster im Laufe der Jahrhunderte setzen eine Kloster-Schule im Bereich eines Klosters als eine Selbstverständlichkeit voraus. Für das Kloster Scheyern wird dies insbesondere bezeugt durch mehrere Codices, die sich in der Münchener Staatsbibliothek befinden, so vor allem durch die „Historia scholastica“ (Geschichte für den Schulgebrauch) des Magisters Petrus (Clm 17405, um 1220). In dieser befindet sich auch eine sehr schöne farbige Darstellung der „Sieben Freien Künste“, die damals in den Klosterschulen im Rahmen der „Allgemeinbildung“ gelehrt wurden. Aus den Kloster- und Domschulen haben sich dann die Universitäten entwickelt. Diese Schulen waren zunächst für den eigenen Nachwuchs gedacht, standen aber einem beschränkten Kreis anderer Schüler offen. Kurz vor der Säkularisation ist zum Beispiel der berühmte Mundartforscher Andreas Schmeller in die Scheyerer Schule gegangen. Auch konnten die bayerischen Benediktinerklöster im 17. und 18. Jahrhundert eine reiche Anzahl von bedeutenden Gelehrten aufweisen. Daneben finden wir in Scheyern schon sehr früh, bereits im 15. Jahrhundert, eine eigene Dorfschule, für die ein eigener „Magister“, ein Schullehrer, angestellt war. Sogar der Aufhebungskommissar musste 1803 gestehen: „Die Schule in Scheyern ist wohl bestellt, und es gereicht dem Herrn Prälaten und den Religiösen zum besonderen Verdienst, eine so gute Landschule etabliert zu haben, welche wenig ihresgleichen finden wird.“ Nach der Wiedererrichtung einiger Klöster um 1840 wollte König Ludwig I. das gesamte höhere Schulwesen in Bayern in die Hände der Benediktiner legen, die sich vor der Säkularisation im Jahre 1803 große Verdienste um Kunst und Wissenschaft erworben hatten. Freilich konnten diese Pläne nur teilweise verwirklicht werden. Mit dem Schuljahr 1939/40 wurde die Scheyerer Schule – wie alle übrigen Ordensschulen – von den Nazis aufgehoben. Dies wurde damit begründet, “dass man weder gegen die persönliche Ehrenhaftigkeit und berufliche Tüchtigkeit der abgebauten Ordensleute noch gegen die Leistungen ihrer Schulen in der Vergangenheit etwas einwenden könne, aber aus dem heutigen Unterrichts- und Erziehungswesen müssten sie deswegen ausgeschaltet werden, weil sie infolge ihrer Ordensgelübde die weltanschaulichen Forderungen des heutigen Staates an die Jugenderziehung nicht erfüllen können”.
Nach Ende des Zweiten Weltkrieges wurde jedoch die Schule wieder errichtet und zu einem Vollgymnasium mit neun Klassen ausgebaut. Bereits am 23. April 1964 war vom Staatsministerium die Errichtung eines Realgymnasiums in Pfaffenhofen genehmigt worden. Das neue Pfaffenhofener Gymnasium nannte sich nunmehr “Schyren”-Gymnasium, um die Verbindung mit der Schule in Scheyern anzudeuten.
Vom Herbst 1969 bis Weihnachten 1975 waren in den Räumen des ehemaligen Humanistischen Gymnasiums in Scheyern noch neun bis zehn Klassen des Schyrengymnasiums untergebracht, das noch erweitert wurde. Mit Beginn des Jahres 1976 begannen die umfangreichen Renovierungsarbeiten am alten Gymnasiumsgebäude in Scheyern, die im Herbst 1976 so weit gediehen waren, dass die neue Berufsoberschule den Unterrichtsbetrieb aufnehmen konnte.
Im Frühling 2012 genehmigte das Kultusministerium die Erweiterung der Berufsoberschule um eine Fachoberschule. Die neue Berufliche Oberschule Scheyern startete im Herbst 2012, wobei ein Teil der Fachoberschule bis 2017 in den Räumen der Berufsschule Pfaffenhofen unterrichtet wurde. Seit dem Schuljahr 2017/18 befinden sich alle Klassen in Scheyern.